合成儀無需模板和引物、DNA聚合酶，而是按照人們預先設定的DNA序列，從無到有，從頭合成（denove），以循環的化學反應合成出DNA鏈（**個是掛在固相載體上的，以后每次反應通過提供底物-連接反應-洗滌等步驟），而且是單鏈。
PCR儀需要模板、引物和聚合酶，本質是生物合成，一般采用一對引物，合成的是雙鏈DNA，無需固相載體。合成的模板序列可以是已知的也可以是未知的。
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